L'attuale Biblioteca si è costituita negli ultimi decenni del secolo XIX essendo il convento sede per gli studi filosofici e teologici, attività che ancora oggi svolge, e per tale scopo dipende dal superiore provinciale. Nel bombardamento dell'ottobre 1944 sulla città rimase gravemente colpita, ma immediato fu il suo ricostruirsi. Dal 1970 sono in essa confluiti depositi di alcune biblioteche conventuali e si è dovuto procedere ad una nuova sistemazione per dare maggior spazio alle opere di aggiornamento.

In seguito alla chiusura del convento di Parma e della relativa biblioteca, sono confluite a Bologna le edizioni dei secoli XVI-XVIII. 

Con il nuovo assetto la biblioteca si è specializzata a conservare il cospicuo materiale antico proveniente dalle biblioteche della Provincia dei Frati Cappuccini dell’Emilia Romagna creando un fondo antico che consta di circa 60.000 volumi comprendenti le edizioni del XVI, XVII e XVIII secolo.

Oltre al Fondo Antico ne sono stati creati altri per rispondere alle nuove esigenze della Biblioteca, come il Fondo di Biblioteconomia e Archivistica e quello di Storia. La Biblioteca si caratterizza, inoltre, per il Fondo di Francescanesimo, per quello di Scoutismo (unico nel suo genere), per il Fondo di Gnomonicae per quello sul Pane. A questi va aggiunto per unicità ed interesse il Fondo delle edizioni Bodoniane.

La sala di consultazione ospita le opere di carattere generale (enciclopedie, dizionari, manuali, grandi opere, ecc.) e il materiale moderno utile per la ricerca e per lo studio specializzato finalizzato al materiale antico. Dispone di fotocopiatrice e di postazione internet.

Dal 2007 la biblioteca è entrata a far parte del Polo delle Biblioteche Ecclesiastiche (PBE),

i volumi vengono catalogati in formato elettronico e sono visibili nel Sistema Bibliotecario Nazionale (SBN)

Polo PBE: PBE94

Catalogo on-line: https://beweb.chiesacattolica.it/benilibrari/